福州市马尾轮船有限公司前身为福州市马尾轮船公司，始建于1988年6月。是福建省福州市在改革、开放中涌现出的一个具有法人资格的新兴海运企业。经过长期的艰苦创业，公司得到不断发展壮大，现已成为福建省航运业中一支颇具实力的海运船队。公司于1992年2月经国家交通部批准获得港澳线经营权；1995年6月经国家交通部批准获得近洋国际航线经营权；1997年4月经国家交通部批准首批获得对台湾试点直航的经营权。2004年2月公司改制更名为“福州市马尾轮船有限公司”。